巴斯克芝士蛋糕的由来是在一九五九年的时候，有一对夫妇在西班牙和法国交界处的巴斯克，当地的老城区内开了一间名叫La Viña的酒吧。
这个酒吧不仅可以喝酒还可以给客人提供餐食，而他们的外甥很小就在这个酒吧里长大，因此学会了利用当地丰富的奶酪资源做各式各样的当地菜和一些蛋糕

在他尝试了各种配方后，最终形成了一个独特的巴斯克地区风味的重芝士“焦”蛋糕，后来越来越受当地人的喜爱，因此就称作巴斯克芝士蛋糕了，慢慢地这个特别的蛋糕也就流传开来了。